本发明公开了一种ACAP4活性抑制蛋白的鉴定及其在细胞迁移中的作用。其目的是提供一种ACAP4活性抑制蛋白及其编码基因与其在制备抑制肿瘤转移药物中的应用。该蛋白是下述氨基酸序列之一:1)序列表中的SEQ ID NO.1;2)将序列表中SEQ ID NO.1的氨基酸残基序列经过一至十个氨基酸残基的取代、缺失或添加且对ACAP4和ARF6活性具有调节作用的蛋白质。该蛋白是ACAP4活性抑制蛋白,它可以通过调节和ACAP4结合能力及其底物ARF6的活性来发挥信号通路的作用,调控肿瘤细胞的迁移功能。因此,可以其为药物靶标进行小分子化合物的筛选,发掘可能抑制肿瘤细胞转移的药物,本发明的蛋白及其编码基因有可能将在医学及制药领域发挥重要作用,前景广阔。