本发明公开了一种纺锤体动点结合蛋白及其编码基因与应用。其目的是提供一种纺锤体动点结合蛋白及其编码基因与其在制备抑制肿瘤增殖药物中的应用。该蛋白是下述氨基酸序列之一:1)如SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列;或2)将SEQ ID NO.1的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代、缺失或添加而由SEQ ID NO.1衍生的且与CENP-E蛋白结合对细胞有丝分裂的行进具有调控功能的氨基酸序列。该蛋白通过与CENP-E的相互作用参与细胞有丝分裂的纺锤体检查点信号转导途径,可以其为活性成分作为药靶开发抑制肿瘤细胞增殖的药物。本发明的蛋白及其编码基因将在医学及制药领域发挥重要作用,应用前景广阔。