Identifying a mutation that can be an index for predicting the effectiveness of treatment with a drug in cancer such as gastric cancer, providing a means for detecting the mutation, a gene having the mutation based on the mutation, or encoded by the same To provide a means of identifying cancer patients or subjects who are at risk for cancer for which a protein-targeting drug provides a therapeutic effect. A method for detecting gene fusion that is a responsible mutation (driver mutation) of cancer, comprising an ATG3-EPHB1 fusion polynucleotide, a TNIK-RNF123 fusion polynucleotide, or a SLC12A2-NRG2 fusion polynucleotide in an isolated sample derived from a subject Detecting a fusion polynucleotide of any of the above or a polypeptide encoded thereby.胃がんなどのがんにおいて薬剤による治療の有効性を予測する指標となりうる変異を同定すること、当該変異を検出する手段を提供すること、当該変異に基づき、当該変異を有する遺伝子またはそれにコードされるタンパク質を標的とする薬剤が治療効果をもたらすがんの患者またはがんのリスクを有する被験者を同定する手段を提供することなど。 がんの責任変異（ドライバー変異）である遺伝子融合の検出方法であって、被験者由来の単離された試料におけるATG3-EPHB1融合ポリヌクレオチド、TNIK-RNF123融合ポリヌクレオチド、もしくはSLC12A2-NRG2融合ポリヌクレオチドのいずれかの融合ポリヌクレオチドまたはそれによりコードされるポリペプチドを検出する工程を含む、方法。
