Systems and methods for determining bacterial load in targets and tracking changes in bacterial load of targets over time are disclosed. An autofluorescence detection and collection device includes a light source configured to directly illuminate at least a portion of a target and an area around the target with excitation light causing at least one biomarker in the illuminated target to fluoresce. Bacterial autofluorescence data regarding the illuminated portion of the target and the area around the target is collected and analyzed to determine bacterial load of the illuminated portion of the target and area around the target. The autofluorescence data may be analyzed using pixel intensity. Changes in bacterial load of the target over time may be tracked. The target may be a wound in tissue.Linvention concerne des systèmes et des procédés permettant de déterminer la charge bactérienne dans des cibles et de suivre au fil du temps des changements de la charge bactérienne des cibles dans le temps. Un dispositif de détection et de collecte par autofluorescence comprend une source de lumière configurée de sorte à éclairer directement au moins une partie dune cible et dune zone autour de la cible avec une lumière dexcitation, ce qui provoque la fluorescence dau moins un biomarqueur dans la cible éclairée. Des données dautofluorescence bactérienne concernant la partie éclairée de la cible et de la zone autour de la cible sont recueillies et analysées afin de déterminer la charge bactérienne de la partie éclairée de la cible et de la zone autour de la cible. Les données dautofluorescence peuvent être analysées en utilisant lintensité des pixels. Des changements de la charge bactérienne de la cible au fil du temps peuvent être suivis. La cible peut être une plaie dans un tissu.