The present invention relates to a composition comprising an ionic complex of chitosan and a negatively charged polysaccharide, selected from the group consisting of heparin, heparan sulfate and dextran sulfate, for use in the treatment of mucositis in a mammalian subject, to a method of preventing or treating mucositis ina mammalian subject, by applying topically a compositioncomprising an ionic complex of chitosan and a negatively charged polysaccharide, selected from the group consisting of heparin, heparan sulfate and dextran sulfate. The present invention further relates to a pharmaceutical composition for topical administration comprising an ionic complex of chitosan and heparin.Linvention concerne une composition comprenant un complexe ionique de chitosane et un polysaccharide chargé négativement sélectionné dans le groupe constitué par lhéparine, le sulfate dhéparane et un sulfate de dextrane utilisés pour traiter une mucosite chez un sujet mammifère, un procédé de traitement et de prévention de la mucosite chez les sujets mammifère, par application topique dune composition comprenant un complexe ionique de chitosane et dun polysaccharide chargé négativement sélectionné dans le groupe constitué par lhéparine, le sulfate dhéparane et un sulfate de dextrane. Linvention concerne également une composition pharmaceutique pour administration topique comprenant un complexe ionique de chitosane et dhéparine.