A composition having an ionic complex of chitosan and a negatively charged polysaccharide, selected from the group consisting of heparin, heparan sulfate and dextran sulfate, for use in the treatment of mucositis in a mammalian subject, to a method of preventing or treating mucositis in a mammalian subject, by applying topically a composition having an ionic complex of chitosan and a negatively charged polysaccharide, selected from the group consisting of heparin, heparan sulfate and dextran sulfate. The composition further relates to a pharmaceutical composition for topical administration of an ionic complex of chitosan and heparin.L'invention concerne une composition comprenant un complexe ionique de chitosane et un polysaccharide chargé négativement sélectionné dans le groupe constitué par l'héparine, le sulfate d'héparane et un sulfate de dextrane utilisés pour traiter une mucosite chez un sujet mammifère, un procédé de traitement et de prévention de la mucosite chez les sujets mammifère, par application topique d'une composition comprenant un complexe ionique de chitosane et d'un polysaccharide chargé négativement sélectionné dans le groupe constitué par l'héparine, le sulfate d'héparane et un sulfate de dextrane. L'invention concerne également une composition pharmaceutique pour administration topique comprenant un complexe ionique de chitosane et d'héparine.