The present inventors purify an antibody having a low pI using a protein A column, perform an acid treatment and a neutralization treatment, and then perform a step of removing the resulting antibody aggregate after a certain period of time. Thus, it was found that subsequent antibody association can be suppressed. In addition, the present inventors can purify antibodies with low pI by anion exchange resin Bind / Elute mode, and further hydrophobic interaction chromatography or multi-mode chromatography resin, so that impurities can be more efficiently produced than before. It was found that removal is possible.本発明者らは、pIが低い抗体をプロテインAカラムを用いて精製し、酸性処理及び中和処理を行った後、一定期間経過してから、生じた抗体の会合体を除去する工程を行うことにより、その後の抗体の会合化を抑止できることを見出した。また本発明者らは、pIが低い抗体を陰イオン交換樹脂のBind/Eluteモード、さらには疎水性相互作用クロマトグラフィー或いはマルチモードクロマトグラフィー樹脂で精製することにより、従来よりも効率的に不純物の除去が可能になることを見出した。