A manufacturing process of a soft gel capsule containing microencapsulated probiotic bacteria, comprising the steps of: (a) providing microencapsulated probiotic bacteria with at least one coating comprising at least one plant lipid having a melting point between approximately 35 ° C and approximately 75 ° C; (b) suspend microencapsulated probiotic bacteria in a suspension formulation to make a filler; (c) mixing the filling at an intensity less than 3,000 rpm, and a temperature below 33 ° C to produce a mixed filling; (d) reduce the size of the particles and separate the particles of the microencapsulated probiotic bacteria in the mixed filler to make a deagglomerated filler having a controlled particle size suitable for encapsulation; and (e) encapsulate the deagglomerated filler in a soft gel capsule, where the integrity of the coating of the microencapsulated probiotic bacteria is maintained.Un proceso de fabricación de una cápsula de gel blando que contiene bacterias probióticas microencapsuladas, que comprende las etapas de: (a) proporcionar bacterias probióticas microencapsuladas con al menos un recubrimiento que comprende por lo menos un lípido vegetal que tiene un punto de fusión entre aproximadamente 35°C y aproximadamente 75°C; (b) suspender las bacterias probióticas microencapsuladas en una formulación de la suspensión para elaborar un relleno; (c) mezclar el relleno a una intensidad menor a 3.000 rpm, y una temperatura por debajo de 33ºC para elaborar un relleno mixto; (d) reducir el tamaño de las partículas y separar las partículas de las bacterias probióticas microencapsuladas en el relleno mixto para elaborar un relleno desaglomerado que tiene un tamaño de partícula controlado adecuado para encapsulación; y (e) encapsular el relleno desaglomerado en una cápsula de gel blando, en donde se mantiene la integridad del recubrimiento de las bacterias probióticas microencapsuladas.