The invention aims to provide can be controlled efficiently pathogenic microorganisms that cause food poisoning bacteria that cause the quality degradation of the food material of poultry meat or the like, a method of controlling microorganisms for food material , in particular, includes the step of subjecting the resonant ultrasonic processing steps and / or subjected to iteration of the atmospheric pressure and negative pressure the food material was immersed in the sterilizing solution, and a method of controlling microorganisms in foodstuffs.本発明は、食鳥肉等の食品材料の品質劣化を引き起こす細菌群や食中毒の原因となる病原微生物を効率的に制御することができる、食品材料に対する微生物の制御方法を提供することを目的とし、具体的には、殺菌液に浸漬した食品材料を陰圧と常圧の繰り返し処理に供する工程及び/又は共振型超音波処理に供する工程を含む、食品材料における微生物の制御方法に関する。