The present disclosure relates to the recognition that immune reactions mediated by CpG oligonucleotides may be influenced by the stereochemistry of modified internucleotide linkages, such as phosphorothioates. In some embodiments, the present disclosure relates to chiral controlled CpG oligonucleotide compositions containing CpG oligonucleotides containing multiple modified internucleotide linkages, such as phosphorothioate linkages, wherein the oligonucleotides are defined as It contains one or more CpG region motifs having a chiral internucleotide bond of the stereochemical pattern of In some embodiments, CpG oligonucleotides containing one or more CpG region motifs can stimulate an immune response. In some embodiments, CpG oligonucleotides containing one or more CpG region motifs are antagonistic. Also described are methods of making and using chiral controlled CpG oligonucleotide compositions. In some embodiments, where immunomodulation is not desired, the present disclosure provides methods of identifying chiral control oligonucleotide compositions with reduced immunomodulation. [Selected figure] Figure 1本開示は、CpGオリゴヌクレオチドにより介在される免疫反応が、たとえばホスホロチオエートなどの修飾ヌクレオチド間結合の立体化学により影響を受け得るという認識に関する。一部の実施形態では、本開示は、たとえばホスホロチオエート結合などの修飾ヌクレオチド間結合を複数含有するCpGオリゴヌクレオチドを含有するキラル制御されたCpGオリゴヌクレオチド組成物に関するものであり、当該オリゴヌクレオチドは、規定の立体化学パターンのキラルヌクレオチド間結合を有するCpG領域モチーフを1個以上含有する。一部の実施形態では、1個以上のCpG領域モチーフを含有するCpGオリゴヌクレオチドは、免疫反応を刺激することができる。一部の実施形態では、1個以上のCpG領域モチーフを含有するCpGオリゴヌクレオチドは、アンタゴニスト性である。キラル制御されたCpGオリゴヌクレオチド組成物を作製する方法および使用する方法も記載される。一部の実施形態では、免疫調節が望まれない場合、本開示は、免疫調節が低下したキラル制御オリゴヌクレオチド組成物を特定する方法を提供する。【選択図】図1