It relates to a method for providing a whole grain Flour that has reduced Enzymatic activity using a Lipase deactivation Procedure of multiple phases.The Method comprises: Separating a fraction of Flour endosperm And Presents that has Enzymatic activity to a First and second stage of Enzymatic deactivation and combine the Bran fraction treated with separated fraction. In addition, refers to a system for processing to reduce the Enzymatic activity of Lipase.Said method and system is helpful to increase the useful Life of storage using Microwave Energy for the phases.SE REFIERE A UN METODO PARA PROPORCIONAR UNA HARINA DE GRANO INTEGRAL QUE TIENE ACTIVIDAD ENZIMATICA LIPASA REDUCIDA USANDO UN PROCEDIMIENTO DE DESACTIVACION DE MULTIPLES FASES, COMPRENDIENDO EL METODO: SEPARAR UNA FRACCION DE HARINA QUE TIENE ENDOSPERMO Y PRESENTA ACTIVIDAD ENZIMATICA SOMETER A UNA PRIMERA Y SEGUNDA ETAPA DE DESACTIVACION ENZIMATICA Y COMBINAR LA FRACCION DE SALVADO TRATADA CON LA FRACCION SEPARADA. ADEMAS, HACE REFERENCIA A UN SISTEMA DE PROCESAMIENTO PARA REDUCIR LA ACTIVIDAD ENZIMATICA LIPASA. DICHO METODO Y SISTEMA ES UTIL PARA AUMENTAR LA VIDA UTIL DE ALMACENAMIENTO USANDO ENERGIA DE MICROONDAS DURANTE LAS FASES.