The present invention provides polypeptides having protease activity for use in the treatment or prevention of microbial infections in subjects suffering from or susceptible to immunodeficiency. For example, the polypeptide can be administered as an oral spray, nasal spray, lozenge, pastille, chewing gum, or liquid to treat or prevent microbial infections in immunocompromised patients. In particular, the polypeptides are useful in the treatment or prevention of rhinorrhea and / or oral fungal infection and / or gum inflammation. In one embodiment, the polypeptide is a trypsin enzyme from Atlantic cod, or a fragment or variant thereof.本発明は、免疫不全症を罹患しているか又はその感受性がある被験者における、微生物感染症の治療又は防止において使用するための、プロテアーゼ活性を有するポリペプチドを提供する。例えばポリペプチドは、口腔スプレー、鼻腔スプレー、ロゼンジ、香錠、チューインガム、又は液体として、免疫不全症の患者において微生物感染症を治療又は防止するべく投与され得る。とりわけポリペプチドは、鼻漏及び/又は口腔の真菌感染症及び/又は歯茎炎症の治療又は防止において有用である。1つの実施形態では、ポリペプチドはタイセイヨウタラからのトリプシン酵素、又はそのフラグメント若しくは変異体である。