본 발명은 켈빈 푸르브 현미경(Kelvin probe force microscope, KPFM)을 이용한 금 또는 실리콘 기판에 의한 DNA-나노입자 복합체 기반의 고감도 유전자 변이 검지방법에 관한 것으로서, 유전자 변이 검지를 위해 켈빈 프루브 현미경을 이용한 표면 전위 측정의 최적화를 위하여 나노입자와 기판의 종류를 한정한 것으로 탐침 DNA를 금(Au) 나노입자에 고정화 시킨 후 표적 DNA와 혼성화(hybridization)시킨 합성물을 금(Au) 또는 실리콘(Si) 기판 위에 뿌리고 켈빈 프루브 현미경으로 측정된 표면 전위face potential)로 유전자의 변이 여부를 1개의 염기 변이 수준에서 식별하는 방법에 관한 것이다.