本发明涉及生物技术领域,公开了一种DNA分子及其制备方法与应用、重组病毒及其制备方法与应用以及重组蛋白及其编码DNA分子与应用。所述DNA分子含有重组的衣壳蛋白VP1的编码序列,重组的衣壳蛋白VP1的编码序列由串联连接的第一衣壳蛋白VP1的编码序列、短肽的编码序列和第二衣壳蛋白VP1的编码序列组成,第一衣壳蛋白VP1的编码序列和第二衣壳蛋白VP1的编码序列来源于肠道病毒71型的衣壳蛋白VP1的编码序列,短肽的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示。所述重组病毒的基因组RNA对应的cDNA序列与所述DNA分子的序列相同。所述重组蛋白含有串联连接的第一衣壳蛋白VP1的氨基酸序列、短肽的氨基酸序列和第二衣壳蛋白VP1的氨基酸序列。本发明能够制得预防EV71和CA16感染的双价疫苗。