本发明公开了一种蛋白及其编码基因以及疫苗和它们在制备用于预防寨卡病毒感染的疫苗中的应用。具体地,本发明公开了一种蛋白,其中,该蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明还公开了编码上述蛋白的基因,和含有所述基因的表达盒、重组载体、转基因细胞系或重组菌,以及含有上述蛋白作为活性成分的疫苗,还公开了它们在制备用于预防寨卡病毒感染的疫苗中的应用。将本发明提供的蛋白制备成疫苗注射入小鼠体内,能够产生高效价抗体,该抗体对寨卡病毒具有很强的中和作用,免疫原性良好;同时,本发明提供的疫苗由于不含活病毒,所以其安全性较高,因此,将本发明提供的蛋白制成疫苗对预防寨卡病毒感染具有良好的应用前景。