本发明公开了一种番木瓜几丁质酶及其制备方法和应用。本发明根据毕赤酵母密码子偏爱性,利用全基因合成方法获得了番木瓜(Carica Papaya)中的几丁质酶编码基因序列,优化后的核酸序列如SEQ ID NO.2所示。进一步利用毕赤酵母表达系统对该所述优化的几丁质酶编码基因进行高效分泌表达,获得番木瓜几丁质酶,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明获得的番木瓜几丁质酶对低脱乙酰度的壳聚糖底物有较高的水解活性,摇瓶发酵产生的粗酶液即具有1mL(蛋白质含量约0.18mg)降解0.5g壳聚糖的水解能力,而降解相同量的壳聚糖约需要木瓜蛋白酶20mg,理论上效率提高100倍以上;具有良好的工业应用前景。