The present invention relates to a method for producing a zeaxanthin-containing carotenoid by microbial fermentation, and can produce zeaxanthin at a low cost while suppressing the concentration of gluconic acid to a low level by microbial production according to the present invention. The zeaxanthin-containing carotenoids produced by the present invention are useful as materials for feed and food.본 발명은 제아잔틴을 함유한 카로테노이드를 미생물 발효를 이용하여 생산하는 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따른 미생물학적 생산에 의해 글루콘산의 농도를 낮게 억제하면서 고농도의 제아잔틴을 저비용으로 생산할 수 있다. 본 발명에 의해 생산되는 제아잔틴 함유 카로테노이드는 사료용 및 식품용의 소재로서 유용하다.