A method is provided for treating a seaweed extract having a target molecule and a pyrogenic agent. The method includes inactivating the pyrogenic agent and/or removing the pyrogenic agent. The method results in a reduction in pyrogenicity of the extract. The method is useful in the preparation of pharmaceutical compositions and biomaterials for which pyrogen removal is critical.La présente invention concerne un procédé de traitement d'un extrait d'algue comprenant une molécule cible et un agent pyrogène, le procédé comprenant l'étape (les étapes) consistant à inactiver l'agent pyrogène et/ou éliminer l'agent pyrogène, le procédé résultant en une réduction de la pyrogénicité de l'extrait. Les présents procédés sont utiles dans la préparation de compositions pharmaceutiques et de biomatériaux pour lesquels l'élimination des pyrogènes est critique.