The present invention relates to an antimicrobial composition against methicillin resistant strains. More particularly, the present invention relates to a pharmaceutical composition and health-aid food for preventing or treating infection with methicillin resistant strains. The composition includes eicosapentaenoic acid (EPA), citral, hinokitiol, linalool or α-terpineol having high antimicrobial activity, growth-inhibiting effect and sterilizing effect against methicillin resistant Staphylococcus Aureus strains. It is possible to ensure the use of a pharmaceutical product and health-aid food as an advanced material by verifying the effectiveness of the antimicrobial composition against methicillin resistant strains and providing an antimicrobial agent including the same, and thus to contribute to prevention or treatment of infection with methicillin resistant strains.본 발명은 메티실린 저항성 균주에 대한 항균 조성물에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 메티실린 저항성 스타피로코커스 아우레우스에 대하여 높은 항균활성, 생육저해 효과 및 살균 효과를 가지는 EPA(Eicosapentaenoic acid), 시트랄(Citral), 히노키티올(Hinokitiol), 리날로올(Linalool) 또는 α-테르피네올(α-Terpineol)을 함유하는 메티실린 저항성 균주 감염의 예방 또는 치료용 의약 조성물 및 건강기능식품에 관한 것이다.본 발명에 따른 메티실린 저항성 균주에 대한 항균 조성물의 유효성을 검증하고 이를 포함하는 항균제제를 제공함으로써 의약품 및 건강기능식품의 신소재로서의 용도를 확보하여 메티실린 내성 균주 감염에 대한 예방 또는 치료에 기여할 수 있을 것이다.