The present invention provides a three-layer structure capsule and a method of manufacturing the same, in which cracks in the protective layer are prevented in the manufacture of a three-layered capsule, and cracks in manufacturing and cracks in storage at low temperatures are solved. In the present invention, a content in which a main substance is dispersed or dissolved in an oily substance, a protective layer formed of an edible tablet-processed fat and oil by covering the content, and a film formed on the outside of the protective layer and made of a natural polymer, are concentrically present. It relates to a three-layer structure capsule, and a manufacturing method thereof.본 발명은, 3층 구조 캡슐의 제조에 있어서, 보호층의 금 균열을 방지하여, 제조 시의 금 균열 및 저온 보관 시의 금 균열을 해결한 3층 구조 캡슐 및 그의 제조 방법을 제공한다.본 발명은, 주제를 유성 물질에 분산 또는 용해한 내용물과, 해당 내용물을 피복하고 식용 정제 가공 유지로 이루어지는 보호층과, 해당 보호층의 외측에 형성되고 또한 천연 고분자로 이루어지는 피막이, 동심원상으로 존재하는 3층 구조 캡슐, 및 그의 제조 방법에 관한 것이다.