Problem to be solved: to provide an endoscope system, a processor apparatus, and an operation method of an endoscope system capable of simply and accurately determining an area in which a region capable of accurately calculating an area and an index value which can not accurately calculate an index value can be accurately calculated.Endoscopic systemAn image acquisition part (54) for acquiring an endoscope image picked up by an observation object andEndoscopic imagesInformation on light scattering characteristics or optical absorption characteristics ofAndA baseline information calculation unit (82) which calculates baseline information (an arithmetic value "Z") which is not dependent on at least a specific organism information, andUsing baseline informationAn area setting part (83) for setting a calculation region for calculating an index value representing a state of an object to be observed andEndoscopic imagesThe index value calculating section (84) for calculating the index value in the calculation area set by the region setting section (83) and.指標値を正確に算出できないおそれのある領域及び指標値を正確に算出可能な領域を、従来よりも簡易にかつ正確に特定し得る内視鏡システム、プロセッサ装置、及び内視鏡システムの作動方法を提供する。内視鏡システム（１０）は、観察対象を撮像した内視鏡画像を取得する画像取得部（５４）と、内視鏡画像を用いて、観察対象の光散乱特性もしくは光吸収特性に関する情報であって、かつ、少なくとも特定の生体情報に依存しない情報であるベースライン情報（演算値“Ｚ”）を算出するベースライン情報算出部（８２）と、ベースライン情報を用いて、観察対象の状態を表す指標値を算出する算出領域を設定する領域設定部（８３）と、内視鏡画像を用いて、領域設定部（８３）が設定した算出領域において指標値を算出する指標値算出部（８４）と、を備える。
