본 발명은 (1) 동결건조한 레드비트 또는 스피루리나를 분쇄한 후 물로 희석하여 레드비트 천연색소 용액 또는 스피루리나 천연색소 용액을 준비하는 단계; (2) 배를 세절하여 배 조각을 준비하는 단계; (3) 상기 (2)단계의 준비한 배 조각을 상기 (1)단계의 준비한 레드비트 천연색소 용액 또는 스피루리나 천연색소 용액에 침지하는 단계; 및 (4) 상기 (3)단계의 침지한 배 조각을 꺼내어 동결건조하는 단계를 포함하여 제조하는 것을 특징으로 하는 천연색소를 이용한 배칩의 제조방법 및 상기 방법으로 제조된 천연색소를 이용한 배칩에 관한 것이다.