本发明涉及一个控制早期水稻叶绿体发育的基因及其检测方法和应用。本发明公开了一个控制早期水稻叶绿体发育的基因,具有SEQ ID No.1所示的核苷酸序列,该基因编码的蛋白质具有SEQ IDNo.2所示的氨基酸序列。利用设计的如SEQ ID No.4和No.5特异性PCR引物,通过对水稻中所提取的DNA进行PCR扩增后经Taq I酶切进行鉴定,能快速检测到含有该基因水稻植株,其检测准确性高,操作简单,成本低廉。水稻中该基因被破坏即可导致早期水稻植株黄化。通过本发明得到的控制早期水稻叶绿体发育的基因可应用于杂交水稻制种,可提高杂交水稻不育系自身以及它配制杂交水稻的纯度。