本发明涉及一种控制水稻叶绿体发育的突变致死基因及其应用，还公开基因编码的蛋白质，该蛋白质具有SEQ ID NO：2所示的氨基酸序列。基因具有SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列。该水稻叶绿体发育编码基因被破坏可导致叶绿体发育受阻，苗期即白化致死。本发明还公开了调控水稻叶绿体发育形成致死突变的方法。将其应用于植物遗传改良工作，是重要的指示基因。可作为目的基因应用于杂交水稻制种，可以方便检测杂交后代的纯度。应用于常规制种中，由于其纯合致死特点，可以防止后代的非法留种和制种有效保护品种拥有者的知识产权。本发明还公开了含有上述基因的质粒、植物表达载体和宿主细胞。
