本发明公开了一个受低温响应的早期水稻叶绿体发育基因及其检测方法和应用，该基因具有SEQ ID No.1所示的核苷酸序列，编码的蛋白质具有SEQ ID No.2所示的氨基酸序列。以dCAPs特异性引物 (SEQ ID No.5) (SEQ ID No.6)对水稻中所提取的DNA进行PCR扩增后，经MboⅡ酶切进行鉴定，能快速检测到含有该基因水稻的植株，其检测准确性高，操作简单。携带该基因的水稻在低温条件下早期水稻植株黄化，高温条件下恢复正常绿色。通过本发明得到的低温响应水稻温敏感叶色突变体在研究植物的叶绿体发育、叶绿素的生物合成以及其温度响应等分子机制具有重要意义，同时也可以作为标记性状提高杂交水稻的种子纯度，可应用于杂交水稻制种，可提高杂交水稻不育系自身以及它配制杂交水稻的纯度。
