本发明涉及基因工程领域,具体地,本发明涉及一种低温木聚糖酶BA-XYL11A及其基因和应用。本发明提供了一种低温木聚糖酶BA-XYL11A,其具有如SEQ IDNO.1或2所示的氨基酸序列,且本发明还提供了编码上述低温木聚糖酶BA-XYL11A的基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.3、4或5所示,以及包含该基因的重组载体和重组菌株及其应用。本发明的低温木聚糖酶BA-XYL11A所以在工业和农业上的应用可以节省大量的能源。本发明的低温木聚糖酶是一种性质优良的、适合于在食品、饲料工业中应用新的低温木聚糖酶。其最适pH为5.0,在pH 3-6都有较高的酶活性;在低温下有很高的催化活性,催化效率要比其它的低温木聚糖酶高,即使在0℃时仍然具有约27%的相对活性。