본 발명은 유도탄이 신속하고 안정적이며 정밀하게 표적으로 비행하기 위한 유도 조종장치 및 그의 시스템 클럭 생성 방법에 관한 것으로, 시스템 클럭에 따라 항법 알고리즘과 유도조종 알고리즘을 실행하여 유도탄의 운동을 조종하는 명령을 생성하는 제어부; 및 관성 측정기로부터 유도탄의 관성 데이터를 주기적으로 수신하고, 관성 데이터 수신 주기의 정수배에 해당하는 동기주기마다 관성 데이터에 대한 시스템 클럭의 동기화를 수행하여, 각 동기주기 동안 주기성이 보장된 시스템 클럭을 발생하여 제어부로 제공하는 시스템 클럭 생성부;를 포함하여 구성된다.