本发明公开了一种黄芩黄烷酮-6-羟化酶(SbF6H)基因及其编码的蛋白酶与用途,该基因为首次利用构建全长cDNA文库从黄芩中克隆而得,填补了从我国传统中药材黄芩中分离克隆出黄烷酮-6-羟化酶(SbF6H)基因的空白。本发明所提供的黄烷酮-6-羟化酶(SbF6H)基因具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所述基因编码的蛋白质具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明提供的黄烷酮-6-羟化酶(SbF6H)基因可以通过生物技术提高黄芩中黄芩素的含量,有助于黄芩药材的品质改良,同时可以进行品种选育,具有很好的应用前景。