本发明涉及一种郁金香黄烷酮-3-羟化酶TfF3H蛋白及其编码基因,所述蛋白质为由如SEQID NO.4所示的氨基酸序列组成的蛋白质或如SEQ ID NO.4所示的氨基酸序列经过取代、缺失或者添加一个或几个氨基酸且具有郁金香黄烷酮-3-羟化酶活性的蛋白质。本发明还提供了一种编码上述蛋白质的核酸序列。黄烷酮-3-羟化酶是类黄酮合成通路重要的分支点催化酶,是整个黄酮类化合物代谢途径的中枢。将本发明中郁金香黄烷酮-3-羟化酶基因通过构建反义表达载体转化到橙红色矮牵牛后,50%以上转基因矮牵牛花色变浅,对应的花朵总花色苷含量下降了30%-50%。利用本发明提供的郁金香黄烷酮-3-羟化酶基因TfF3H,能为利用基因工程改变花色,获得创新花色提供一种有效的技术手段。