Systems and methods for user control over the acquisition, processing, and presentation of medical data are provided. Some embodiments are particularly directed to controlling the display of multi-modality medical data in a multi-modality processing system. In one embodiment, a medical imaging system receives a set of medical data including a first data subset collected using a first sensor and a second data subset collected using a second sensor, where the first sensor and the second sensor are different. A display attribute to be applied to the first data subset independent of the second data subset is received. An instruction is generated that affects the processing of the first data subset based on the display attribute. The first data subset is processed according to the instruction. The processed first data subset is displayed according to the display attribute, and the second data subset is displayed independent of the display attribute.L'invention concerne des systèmes et des procédés pour la commande d'utilisateur de l'acquisition, du traitement et de la présentation de données médicales. Certains modes de réalisation concernent en particulier la commande de l'affichage de données médicales multimodales dans un système de traitement multimodal. Dans un mode de réalisation, un système d'imagerie médicale reçoit un ensemble de données médicales incluant un premier sous-ensemble de données collectées à l'aide d'un premier détecteur et un deuxième sous-ensemble de données collectées à l'aide d'un deuxième détecteur, le premier et le deuxième détecteur étant différents. Un attribut d'affichage à appliquer au premier sous-ensemble de données, indépendamment du deuxième sous-ensemble de données est reçu. Une instruction est générée qui vise le traitement du premier sous-ensemble de données sur base de l'attribut d'affichage. Le premier sous-ensemble de données est traité conformément à l'instruction. Le premier sous-ensemble de données traité est affiché conform