华中农大等单位联合发布首个芥菜多组学数据库

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关键词：

来源：

Plant Communications

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//agri.nais.net.cn/topic/downloadFile/ae25528b-0731-4325-9941-4647b996e83f

来源地址：

https://doi.org/10.1016/j.xplc.2024.100925

资源所属：

农业生物技术专题

类型：

学术文献

语种：

英语

原文发布日期：

2024-04-25

摘要：

2024年4月25日，华中农业大学信息学院、华中农业大学园艺林学学院、湖南农业大学以及湖南省农科院作物研究所等多单位在Plant Communications 发表论文BjuIR: a multi-omics database with various tools for accelerating functional genomics research in Brassica juncea。该研究通过搜集和整合芥菜基因组、转录组、变异组、表型组和代谢组等5个组学的数据，构建了首个芥菜多组学数据库BjuIR，为芥菜功能基因组学研究和遗传育种提供了宝贵的数据资源和分析平台。该研究搜集并整合了40个芥菜及其近缘物种的基因组、1,614个芥菜样本的重测序数据及从中鉴定到的8,869,856个SNPs/InDels、941个芥菜组织样本的转录组数据、16种表型、412个代谢物以及1,841篇芥菜研究领域的文献，用户可通过访问BjuIR的 “Genomics”、“Population”、“Variations”、“Transcriptomics”、“Phenomics”、“Metabolomics”、“Multi-omics”和“Literature” 等八个模块查询、获取和分析上述数据。如“Genomics”模块提供了基因组共线性和基因注释的查询；“Population”模块提供了详细的芥菜种质信息以及选择信号分析；“Variations”模块提供了变异注释信息的查询，以及“变异-表型”/“变异-基因表达”的关联分析；“Transcriptomics”模块功能包括群体及不同组织的基因表达谱、eFP可视化、共表达网络和差异表达分析等；“Multi-omics”模块通过全基因组关联分析、表达数量性状位点定位、孟德尔随机化和共定位分析等方法，对多组学数据进行了整合分析，提供快速查询“变异-基因表达-表型”之间的关联，进行快速高效的候选基因挖掘。为方便用户进行个性化的功能基因组学分析，BjuIR整合了15个生物信息在线分析工具，包括GO/KEGG富集分析、种质遗传相似性评估、连锁不平衡分析、BLAST、引物设计、sgRNA设计等。最后，研究者以芥菜种子维生素E含量为例，通过使用BjuIR鉴定到与维生素E含量相关的新的候选基因和变异，为提高芥菜种子维生素E含量提供了有价值的参考，同时也展示了BjuIR在高效挖掘新候选基因和变异方面的潜力。BjuIR是首个芥菜多组学数据库，它整合并系统分析了目前最为全面的芥菜多组学数据，为用户提供了丰富且友好的数据检索、挖掘和获取功能，显著地提高了芥菜功能基因组研究和候选基因挖掘的效率和便捷性，并助力芥菜遗传育种改良。