河流型与沼泽型水牛CSN3基因密码子使用特征分析

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作   者：

范新阳;  邱立华;  罗国祥;  张永云;  滕晓红;  苗永旺; 

作者机构：

云南农业大学农科专业基础实验教学示范中心;  云南省大理州家畜繁育指导站;  云南农业大学动物科学技术学院; 

关键词：

河流型水牛;  沼泽型水牛;  牛科物种;  密码子偏好性;  聚类分析;  CSN3基因; 

期刊名称：

云南农业大学学报(自然科学)

基金项目：

影响槟榔江水牛乳脂性状重要功能SNP的鉴定
研究中国水牛的遗传多样性并讨论其起源

i s s n：

1004-390X

年卷期：

2017 年 02 期

页   码：

238-245

摘   要：

本研究以54头河流型水牛和70头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、小鼠和人的序列作对照,对乳成分中重要的κ-酪蛋白(kappa casein)编码基因CSN3的密码子使用偏好性及水牛与其他物种间CSN3基因密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果表明:两种类型水牛CSN3基因密码子使用特征相似,河流型水牛CSN3基因共有26个偏好使用的密码子,而沼泽型水牛共有27个;其中,两类水牛偏好性较强的密码子均为GUU、UCA、AGU、CCA、AGG、GGU和GGA(RSCU≥2),河流型水牛对Asp的两种密码子GAU、GAC没有使用偏好性,而沼泽型水牛偏好使用GAC;河流型水牛编码Asp和Cys的同义密码子RSCU值为1,而沼泽型水牛只有编码Cys的同义密码子RSCU值为1。研究发现,所有物种CSN3基因均偏好使用以A/U结尾的密码子,但不同物种之间偏好使用密码子种类和数目均有差异。在密码子使用频率上,水牛CSN3基因与其他牛科物种的差异小于与小鼠、人的差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型与沼泽型水牛亲缘关系最近,聚为一类,然后依次与其他牛、绵羊、小鼠和人等物种相聚。