利用紧缩线性模型和贝叶斯模型对猪总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联研究

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作   者：

刘小磊;  杨松柏;  Max F Rothschild;  ZHANG Zhi-Wu;  樊斌; 

作者机构：

Department;  Institute;  华中农业大学; 

关键词：

全基因组关联;  产活仔数;  总产仔数;  猪;  SNP芯片; 

期刊名称：

遗传

基金项目：

猪重要免疫应答性状的全基因组关联研究

i s s n：

0253-9772

年卷期：

2012 年 34 卷 10 期

页   码：

43-52

摘   要：

全基因组关联分析策略已逐渐成为家畜重要经济性状研究的强有力工具。文章使用猪60K SNP芯片对一个具多胎繁殖性状记录的商业母猪群(n=820)进行分型检测,共计57 814个SNP通过设定质控标准。主成分分析显示群体内不存在显著的群体分层现象,而后分别运用两种统计模型Compressed Mixed Linear Model(GAPIT程序包)、Bayes CPi(GenSel软件)进行第1和第2胎次总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联分析。从两种分析方法所得结果中各取最显著的50个SNP位点进行比较:对于第1胎次总产仔数,两种方法分析结果存在31个重合SNP位点,对于第1胎次产活仔数,有20个重合SNP位点;且两种统计分析结果中最显著的SNP位点都在另一方法中得到验证。与第1胎次总产仔数显著关联的SNP位于1、2、3、7、13、16和18号染色体,与第1胎次产活仔数显著关联的SNP位于1、3、4、13和16号染色体上的11个区域内。在1、3、13和16染色体上共有5个区域同时与这两个性状显著关联。与第2胎次总产仔数和产活仔数显著关联的区域主要位于7、10、12、13、14和16号染色体的6个重叠区域内。