There is provided a capsule endoscopic magnetic control system including a rack (1) and a magnetic control device disposed on the rack (1). The magnetic control device includes a magnet 2, a position control unit 3 and a magnetic line alignment unit 4. The position control unit 3 is arranged on the rack 1 so that the magnet 2 can move on a plane forming an angle of 90 占 with the horizontal plane; The magnetic line alignment unit 4 is disposed on the position control unit 3 to adjust the direction of the magnetic line of force of the magnet 2. [랙(1)과, 랙(1) 상에 배치된 자기 제어 장치를 포함하는 캡슐 위내시경 자기 제어 시스템이 제공된다. 자기 제어 장치는 자석(2), 위치 제어 유닛(3) 및 자력선 방향 조정 유닛(4)을 포함한다. 위치 제어 유닛(3)은 자석(2)이 수평면과 90±30 도의 각도를 이루는 평면 상에서 이동할 수 있도록 랙(1) 상에 배치되고; 자력선 방향 조정 유닛(4)은 자석(2)의 자력선의 방향을 조정하기 위해 위치 제어 유닛(3) 상에 배치된다.