本发明提供一种利用基因组SSR和EST‑SSR指纹图谱鉴别小豆品种的方法及应用，属于植物品种鉴别技术领域。本发明提供5对基因组SSR和5对EST‑SSR引物组成的标记组合，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1‑20所示，进而构建了32种小豆的指纹图谱，根据该图谱，采用本发明提供的标记组合可在4小时之内即可完成小豆种子品种鉴定与遗传多样性评价工作，具有高效、准确、低成本、操作简便的优点。本发明的方法可以对小豆种子真伪进行有效监控，从DNA水平揭示品种的遗传变异与亲缘关系，保护了作物品种，防止假冒伪劣品种进入市场，也为小豆品种选育过程中优异种质的合理利用提供了技术支持，具有良好的应用前景。
