The present invention relates to methods of cryopreserving pluripotent stem cells which result in improved cell viability, survival and maintenance of the stem cell phenotype upon recovery. Thus, the invention provides a method of cryopreserving a pluripotent stem cell comprising encapsulating said cell in a three-dimensional extracellular matrix freezing said cell and thereby cryopreserving said cell.Linvention concerne des méthodes de cryoconservation de cellules souches pluripotentes, permettant daméliorer la viabilité et la survie cellulaires, ainsi que la conservation du phénotype des cellules souches lors de la récupération. Linvention concerne en particulier une méthode de cryoconservation dune cellule souche pluripotente, consistant à encapsuler ladite cellule dans une matrice extracellulaire tridimensionnelle à congeler ladite cellule puis à la cryoconserver.