Removal of genomic DNA from biological samples using cation exchange is described.本発明は、標的分子を含む生物学的試料からゲノムDNAを除去する方法を提供する。いくつかの態様において、該方法は、(a)該試料由来のゲノムDNAを含む正に荷電した複合体が、陽イオン交換リガンドに結合し、かつ(b)該標的分子が、該陽イオン交換リガンドに実質的に結合しないような条件下で、該試料を該陽イオン交換リガンドに接触させる工程;および、減少した量のゲノムDNAを有する試料を生成するために、該陽イオン交換リガンドに結合した該正に荷電した複合体から該試料を分離する工程を含む。いくつかの態様において、該方法は、該分離する工程の後に、減少した量のゲノムDNAを有する該試料に対して、少なくとももう1つの標的分子精製段階を実施する工程をさらに含む。