本发明公开了一种基于双重PCR对大麦抗黄矮病基因Yd2的分子标记辅助选择方法及专用引物,本发明根据与大麦Yd2基因紧密连锁的2个标记设计出2对特异引物对(SEQ ID No.1~4),建立了一种双重PCR检测方法,一次双重PCR可同时检测双标记位点,可快速准确地判定任何世代大麦个体的Yd2基因型。杂交育种F2~Fn世代中,仅在F2代中检测筛选出152bp+100bp带型的个体,就可得到抗性纯合个体(Yd2+/Yd2+)。回交育种BC1F1~BCnF1世代中,每代检测并选出具有152bp+100bp+111bp个体参与下次回交;BCnF2代中,筛选出152bp+100bp个体,即为抗性纯合个体(Yd2+/Yd2+)。本发明建立的这种分子标记辅助选择方法,不仅筛选的准确性高、操作简单快速、成本低,而且可大幅降低育种工作量,缩短育种周期