本发明公开了一种辅助检测猪肌内脂肪含量性状的方法及其专用试剂盒。本发明提供的方法,是检测待测猪的GenBank AGGession Number CU856557.2的第97782位脱氧核糖核苷酸是A还是G,确定待测猪的基因型是AA还是GG,GG基因型的猪的肌内脂肪含量性状高于AA基因型的猪;所述AA基因型为GenBank AGGession Number CU856557.2的自5′末端第97782位脱氧核糖核苷酸为A的纯合体;所述GG基因型为GenBank AGGession Number CU856557.2的自5′末端第97782位脱氧核糖核苷酸为G的纯合体。应用本发明的方法可降低育种花费,有效提高实际生产中的猪肌内脂肪含量,提高经济效益。本发明的方法操作简单、准确度高、可实现自动化检测,将在猪育种中发挥巨大作用。