The present invention provides a pharmaceutical composition for the prevention or treatment of autoimmune diseases or inflammatory diseases, including mesenchymal stem cells (iPS-MSC) derived from somatic cells derived from somatic cells or a condition medium thereof. The pharmaceutical composition provided by the present invention has superior immune control and anti-inflammatory effects compared to mesenchymal stem cells isolated directly from tissue, and is easy to supply, and thus is effective in preventing and treating autoimmune diseases such as rheumatoid arthritis.본 발명은, 체세포로부터 제작된 유도만능줄기세포 유래 중간엽 줄기세포(iPS-MSC) 또는 그 조건 배지를 포함하는 자가면역질환 또는 염증성 질환의 예방 또는 치료용 약학 조성물을 제공한다. 본 발명이 제공하는 약학적 조성물은 조직으로부터 직접 분리된 중간엽 줄기세포에 비해 우수한 면역 제어 및 항염증 효과를 가지며, 공급이 용이하여 류마티스 관절염과 같은 자가면역 질환의 예방 및 치료에 효과적이다.