PURPOSE: An automatic system for cultivating mushroom and an apparatus putting culture medium in bottle are provided to increase the production efficiency and productivity of the automatic system for cultivating mushroom. CONSTITUTION: A bottle mobile tool(10) transfers the cage in which bottles are involved according to one-way. A block having hole of a plurality of corresponding to the entrance of the bottles where the block moving unit(20) is involved in cage is eliminated in the entrance of the bottles as the seating. The stopper closed part(50) closes stopper in the entrance of past bottles. The controller passively operates the bottle mobile tool, the block moving unit, the culture medium guide portion, culture medium perforated part, and the stopper closed part. The bottle mobile tool is composed of the drive unit including the conveyer belt, drive or the motor and reducer.본 발명에 따른 자동화 버섯 재배 시스템은 병들이 담겨진 바구니가 일방향을 따라 이동되는 병 이동수단; 바구니에 담겨진 병들의 입구와 대응되는 복수개의 홀을 가진 블록을 병들의 입구에 올리거나, 제거하는 블록 이동수단; 배지를 혼합하고, 배지를 병들의 입구에 올려진 블록의 홀들에 투입하는 배지 안내부; 그리고, 배지 안내부를 지난 병들 내부에 배지를 압축시키는 동시에 압축된 배지에 구멍을 뚫어주는 배지 타공부;를 포함하기 때문에 배지를 병에 압축하여 투입하는 동시에 중심에 구멍을 뚫어 종균이 효과적으로 번식할 수 있도록 하고, 자동화로 인하여 작업 효율 및 생산성을 높일 수 있다.