本发明涉及基因工程领域,具体地,本发明涉及耐碱木聚糖酶XYL11-1及其基因和应用,其具有如SEQ ID NO.1或2所示的氨基酸序列,编码上述木聚糖酶的基因,其具有如SEQ ID NO.1或2所示的核苷酸序列,以及包含该基因的重组载体、重组菌株和重组酶的应用。本发明的木聚糖酶的具有以下性质:最适pH为6.5,在pH4.5-9.0之间有50%以上的酶活;具有良好的pH稳定性,在pH4.5-12.0之间稳定。最适温度50℃,良好的热稳定性;比活2618U/mg极好的蛋白酶抗性以及易于工业化发酵生产。做为一种新型的酶制剂,可广泛用于造纸、动物饲料、鱼类饲料、食品、医药、酿酒、能源工业等。