This invention is intended to carry out the scanning control of the precise particle beam , there is provided a charged particle beam therapy system 1 for irradiating a charged particle beam R to the tumor 51 of a patient 50, and the scanning electromagnet 6 for scanning the charged particle beam R, a scanner power source 7 for supplying a current to the scanning magnet 6, the scanner by sending a current command value to a power source 7, the scanning controller 10 for controlling the scanning of the charged particle beam R by the scanning electromagnet 6, provided with the period of the operation clock of the cycle and the scanner power supply 7 of the operating clock of the scanning controller 10 equal.本発明は、高精度な粒子線の走査制御を行うことを目的とし、患者50の腫瘍51に荷電粒子線Rを照射する荷電粒子線治療装置1であって、荷電粒子線Rを走査する走査電磁石6と、走査電磁石6に電流を供給するスキャナー電源7と、スキャナー電源7に電流指令値を送ることにより、走査電磁石6による荷電粒子線Rの走査を制御するスキャニングコントローラ10と、を備え、スキャニングコントローラ10の動作クロックの周期とスキャナー電源7の動作クロックの周期が等しい。