本发明涉及一种高通量检测AhFAD2A基因突变位点分型的引物组及检测方法。一种高通量检测AhFAD2A基因突变位点分型的引物组,包括:突变型特异引物,核苷酸序列如SEQ ID No.1所示;野生型特异引物,核苷酸序列如SEQ ID No.2所示;通用引物,核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。本发明可用于高通量鉴定高油酸自交后代中aa基因型,解决现有自交后代数量较大无法鉴定的问题,其能够准确快速的获得自交后代中FAD2A所有基因型AA,aa和Aa,及时剔除AA基因型,显著提高高油酸花生育种的效率。