Provided herein are compositions, foods comprising nepenthesin or a derivative thereof and methods of using nepenthesin or a derivative thereof for modulating gluten intolerance and related conditions, such as celiac disease. Further provided herein are pharmaceutical compositions comprising nepenthesin or a derivative thereof and methods of using nepenthesin or a derivative thereof to treat bacterial infections of the gastrointestinal tract, such as C. difficile or H. pylori. Further provided herein are compositions comprising recombinant nepenthesin I or nepenthesin II, or homologous proteins, and methods for making the same.La présente invention concerne des compositions, des aliments comprenant de la népenthésine ou un dérivé de celle-ci, et des procédés d'utilisation de la népenthésine ou d'un dérivé de celle-ci pour la modulation de l'intolérance au gluten et d'états associés, tels qu'une maladie cœliaque. La présente invention concerne en outre des compositions pharmaceutiques comprenant de la népenthésine ou un dérivé de celle-ci et des procédés d'utilisation de la népenthésine ou d'un dérivé de celle-ci pour traiter des infections bactériennes du tractus gastro-intestinal, telles que C. difficile ou H. pylori. La présente invention concerne en outre des compositions comprenant de la népenthésine I ou de la népenthésine II recombinante, ou des protéines homologues, et des procédés de fabrication associés.