PURPOSE: A method for making fermented soybeans with deep sea water is provided to produce the fermented soybeans which are fermented by healthful microorganisms while restricting growth of the harmful microorganisms. CONSTITUTION: A method for making fermented soybeans with deep sea water includes the following step: soaking soybeans in the deep sea water boiling the soaked soybeans in 100°C for 3 ~ 4 hours taking out the moisture of the boiled soybeans injecting the 0.5-3wt.pt. of trehalose on the soybeans crushing the soybeans making the crushed soybeans to a brick shape in a room temperature drying the soybeans indoor for 30 ~ 60 days and drying the fermented soybeans in the sun.본 발명은 메주를 만드는 방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 메주콩을 해수면에서 수심 300m보다 깊은 해저심층의 해양 심층수에 1∼2일간 담가 충분히 불렸다가 솥에 물을 넣고 삶거나 시루에 안쳐 찌는 방법으로 익힌 다음, 삶은 콩은 대바구니에 밭쳐서 물기를 충분히 뺀 후에 절구에 찧은 후 목침이나 납작한 벽돌처럼 만들어 널빤지나 가마니 위에 쭉 늘어놓아 물기를 말린 후, 발효하여 메주를 만드는 방법에 관한 것이다.이를 위하여 본 발명은, 메주콩을 해수면에서 수심 300m보다 깊은 해저심층의 해양 심층수에 1∼2일간 담가 염분 및 각종 미네랄성분을 침투(浸透)시켜 불린 다음, 솥이나 시루에 넣고 100℃에서 충분히 익을 때까지 삶는다.삶은 콩은 대바구니로 옮겨 물기를 충분히 뺀 다음 절구에 찌어 변 또는 지름이 25㎝, 높이 15㎝ 정도의 사각형이나 원형의 메주 고리(메주 틀)에서 목침이나 납작한 벽돌처럼 만들어 표면이 마르지 않은 상태에서 세균이 번식하면 몸에 유해한 곰팡이가 번식하여 독소를 생성할 수 있으므로 30℃의 실온에서 3일간 말려서 짚을 깔고 27∼28℃의 실온에서 2주간 표면에 곰팡이가 고루 덮이게 되면서 되면 볏짚을 열십자로 묶어서 30∼60일간 15∼28℃의 실내에 매달아 놓거나 선반에 올려놓고 말린 다음, 햇볕에 쬐어 바싹 말려서 메주를 만든다.