Ballast water treatment system includes a coarse filtration device 2 to remove coarse material in seawater and seawater intake line 1, is water intake by one the seawater intake line and a pump 3 to water the seawater. On a subsequent stage of the pump 3, a residence chamber 5 to dwell for a predetermined time seawater disinfectant and sterilizing agent supply device 4, supplied from the sterilizing agent supply device 4 has been added, the process water supply for water treatment water W I have a line 6, and a ballast tank 7 for storing the treated water W to be water from the process water supply line 6. I use those containing chlorinated isocyanurate as fungicides of this ballast water.バラスト水処理装置は、海水取水ライン1と、この海水取水ライン1によって取水された海水中の粗大物を除去する粗ろ過装置2と、この海水を送水するためのポンプ3とを有する。ポンプ3の後段には、殺菌剤供給装置4と、この殺菌剤供給装置4から供給された殺菌剤が添加された海水を所定時間滞留させる滞留槽5と、処理水Wを送水する処理水送水ライン6と、処理水送水ライン6から送水される処理水Wを貯留するバラストタンク7とを有する。このバラスト水の殺菌剤として塩素化イソシアヌル酸を含有するものを使用する。