本发明公开了一种查尔酮合酶基因及其编码的蛋白酶与用途，该基因为首次从金银花的cDNA文库中得到，填补了我国传统中药材金银花中分离克隆出查尔酮合酶基因的空白。本发明所提供的查尔酮合酶基因具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所述基因编码的蛋白质具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明提供的查尔酮合酶基因可以通过生物技术提高金银花中黄酮类活性成分金银花黄酮类的含量，有助于金银花药材的品质改良，同时可以进行品种选育，具有很好的应用前景。
