The present invention relates to a method for preparing fermented milk containing fermented fruit liquid, which adds fruit liquid in which fruits such as Schisandra chinensis, raspberry, mulberry, corni, boxthorn, blueberry, aronia, safflor, etc. containing anthocyanin pigment of polyphenols are fermented by vegetable lactic acid bacteria, into fermented milk prepared by a conventional preparation method, and matures and ferments the same, such that a flavor and a preference of the fermented milk are improved, and also, animal lactic acid bacteria contained in the fermented milk and the vegetable lactic acid bacteria contained in the fermented fruit liquid can be equally ingested.본 발명은 발효과실액을 함유하는 발효유의 제조방법에 관한 것으로,더욱 상세하게는 폴리페놀류의 안토시아닌 색소를 함유하고 있는 오미자, 복분자, 오디, 산수유, 구기자, 블루베리, 아로니아, 잇꽃열매 등 과실을 식물성유산균으로 발효한 과실액을 통상의 제조방법으로 제조된 발효유에 첨가하여 숙성발효함으로써 발효유의 풍미 및 기호도를 향상시키며, 또한 발효유에 함유된 동물성 유산균과 발효과실액에 함유된 식물성유산균을 두루 섭취할 수 있는 발효과실액을 함유하는 발효유의 제조방법에 관한 것이다.