Provided herein are methods and systems of molecular profiling of diseases, such as cancer. In some embodiments, the molecular profiling can be used to identify treatments for the disease, such as treatments that provide likely benefit or likely lack of benefit for the disease. The molecular profiling can include analysis of immune modulators such as PD-1 and/or its ligand PD-L1.La présente invention concerne des méthodes et des systèmes de profilage moléculaire de maladies, telles que le cancer. Dans certains modes de réalisation, le profilage moléculaire peut être utilisé pour identifier des traitements pour la maladie, tels que des traitements qui assurent un avantage probable ou un manque de bénéfices probable pour la maladie. Le profilage moléculaire peut comprendre l'analyse de modulateurs immunitaires tels que PD-1 et/ou son ligand PD-L1.